「3月のライオン」は、15歳で将棋のプロ棋士になった少年・桐山零（きりやま れい）は、幼い頃に交通事故で家族を失い、実父の友人で棋士である幸田の家に、内弟子として引き取られたという経歴を持ち、心に深い傷を負ったまま棋士となった桐山は、高校へ進学せずに幸田の家を出て、東京の下町・六月町にて1人暮らしを始めました。
その後、桐山は1年遅れで高校に進学するが周囲に溶け込めず校内で孤立し、将棋の対局においても結果を出せずに低迷してしまいます。
自らの境遇を停滞していると感じていた桐山は、酔いつぶれていたところを介抱されたことがきっかけで、橋向かいの三月町に住む川本家と出会い、夕食を共にするなど、交流を始めるようになりました。

そんな中、獅子王戦トーナメントにて、義姉の香子を巡る因縁を持つA級棋士・後藤との対決に桐山は気を強めるが、ライバル・二海堂の兄弟子である島田を軽く見ていたことを島田本人に見透かされ、準決勝の対局で完敗します。
その後、島田と後藤の対局を見た桐山は、島田の研究会に参加し、川本家、二海堂や島田、高校の担任である林田や放課後将棋科学部（将科部）の面々と出会い、少しずつ桐山の心境に変化が生じますが進学後しばらくして、川本家の次女・ひなたのいじめ問題に関わることになってしまいます。

いじめられていた同級生をかばったことで自身がいじめの標的になり、それでも自分がしたことは間違っていないと言うひなたを見て、自身が抱えていた心の傷から救われた桐山は、何があっても彼女を守ることを誓います。
同じ頃、新人王トーナメントの対局中に二海堂が倒れ、二海堂が重い病気を隠しながら将棋を指し続けていたことを知った桐山は、二海堂に千日手を仕掛けて棄権に追いやった山崎を決勝で破り新人王になり、その後、ひなたのいじめ問題がひととおり解決し、将科部の面々から新人王獲得を祝福された桐山は、名人位のタイトルホルダーである宗谷との記念対局に臨みます。

夏休みに入り、桐山が通う高校に進学したいことをひなたが告げ、桐山は家庭教師としてひなたの受験勉強を支援し、無事高校に合格したひなたは、入学後すぐに友人もでき、そのようなひなたの学校生活を桐山は遠くから見守り安堵するが川本家の祖父・相米二が不整脈で入院した直後に、家を出て行ったはずの川本家の父親が突然3姉妹の前に姿を現し、一緒に暮らすことを提案してきます。
桐山はその目論みを阻止するために介入し、川本家の人々がいる前で、将来ひなたと結婚することを宣言する。

他者との関わり合いの中でそれぞれの心の傷と向き合い、癒そうとする人々の姿を描く物語「3月のライオン」のイメージソング！
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